商标转让是指商标所有人将其商标的使用权和/或注册商标转让给他人的行为。在北京市，确保商标转让的合法性和权益保护至关重要。首先，转让双方应当依法签订书面转让协议，并在商标局进行备案，以确保转让行为的合法性。同时，双方需履行公示程序，向社会公示转让事项，保障信息透明度。

其次，转让双方应注意商标的清晰界定和转让范围的明确规定，避免引起纠纷。另外，对于转让后商标的使用和管理，双方可在协议中约定相应的义务和责任，以保护双方的权益。

此外，政府部门应加强商标转让行为的监管力度，建立健全的监督机制，严格审核转让行为的合规性，保障商标转让的公平和公正。

总之，确保北京市商标转让的合法性和权益保护需要从法律、协议和监管等多个方面综合考虑，促进商标转让活动的规范、有序进行，为市场主体提供良好的营商环境。